Nel var/log/messages si trova questa cosa devastante...
Oct 15 02:00:33 <servername> kernel: [723954.577468] Out of memory: Kill process 18100 (mongod) score 368 or sacrifice child
la soluzione è semplicemente dosare correttamente la cache del wiredTiger nel file di configurazione
nel mio caso con un server (debian 8.1 con 16Gb di Ram) con 3 mongod in esecuzione in replica secondaria il parametro è settato a 3Gb per ogni mongod.
dopo una taratura i mongod non crollano più.